Михаил Хачатурян получил известность как фигурант резонансного «дела сестер Хачатурян». Три девушки – Крестина, Ангелина и Марина Хачатурян – зарезали собственного отца, Михаила Хачатуряна. Преступление было совершено 27 июля 2018 года, когда сестрам было 19, 18 и 17 лет соответственно.
По версии обвиняемых и их адвокатов, девушки на протяжении многих лет подвергались издевательствам со стороны отца, страдали от домашнего насилия и сексуальных домогательств. Они боялись Хачатуряна, отчаялись где-либо найти защиты и не видели другого выхода из ситуации, кроме как пойти на преступление. В день убийства Хачатурян решил наказать дочерей за то, что они истратили слишком много денег с его карты и плохо убрались в квартире. Он распылил им в лицо газ из баллончика, из-за чего у Крестины случился сильный приступ астмы. Тем же вечером, когда Хачатурян заснул, дочери набросились на него с ножом, нанеся несколько десятков ударов, после чего вызвали полицию.
Сестры и свидетели защиты описывали Хачатуряна как деспотичного, неуравновешенного и агрессивного человека. Соседи рассказывали, что побаивались его и подозревали в нем бандита и торговца наркотиками (при обыске дома и в машине убитого были найдены героин и оружие). Как выяснилось, после развода с женой Хачатурян путем угроз запретил ей общаться с дочерями и сам воспитывал девочек, устанавливая в доме драконовские порядки.
В то же время, родственники Михаила Хачатуряна на суде заявляли, что не верят в его жестокость и считают, что его оговорили. По их словам, Хачатурян был очень набожным человеком (он выкладывал в соцсетях свои фото в церковном облачении или с огромным золотым крестом на шее) и справедливым в отношении дочерей, хотя те относились к нему без должного уважения.
Сестрам Хачатурян было предъявлено обвинение в убийстве, совершенном группой лиц по предварительному сговору (ч. 2 ст. 105 УК РФ), по которой им грозит до 20 лет лишения свободы. По резонансному делу, привлекшему большое общественное внимание, было проведено множество экспертиз. Комиссия с участием специалистов института им. Сербского пришла к выводу, что на момент убийства девушки страдали от посттравматического стрессового расстройства, вызванного жестоком обращением со стороны отца.
В 2021 году уголовное дело было возбуждено против самого Хачатуряна – по статьям «Насильственные действия сексуального характера», «Понуждение к действиям сексуального характера» и «Истязание». Три сестры проходят по нему в качестве потерпевших. Если Михаил Хачатурян будет признан виновным, защита сможет требовать прекращения уголовного дела против Крестины, Ангелины и Марины Хачатурян.