Ксения Раппопорт родилась в 1974 году в Санкт-Петербурге в семье инженера и архитектора. Дедушка будущей актрисы был историком, а бабушка — археологом-реставратором. В их квартире на 3-й Советской улице Ксения и выросла.
Театром Раппопорт начала увлекаться еще в школе. На решение стать актрисой повлиял кинодебют — в 15 Ксения сыграла эпизодическую роль в фильме «Изыйди!». После окончания школы девушка поступила в Санкт-Петербургскую государственную академию театрального искусства на курс актерского мастерства Вениамина Фильштинского. Параллельно Ксения работала в стажерской труппе Малого драматического театра. Дебютом на театральной сцене для нее стала роль Нины Заречной в спектакле «Чайка». Учебу Раппопорт закончила только через девять лет, за это время она успела несколько раз бросить академию.
Ксения Раппопорт известна не только российскому, но и европейскому зрителю. На родине она играла в фильмах и культовых сериалах — «Ликвидация», «Юрьев день», «Бандитский Петербург» и другие. За рубежом ее коллегами по съемочной площадке становились Моника Белуччи, Пьер Франческо Фавиани, Жерар Депардье. Одной из главный для Раппопорт стала роль в «Незнакомке» Джузеппе Торнаторе.
Говоря о своих партиях, актриса признавалась, что играть интереснее тех героинь, которые совсем непохожи на нее саму:
«В каждой роли есть моменты, узлы, в которых ты соединяешься с персонажем через свой личный жизненный опыт. И как бы далеко ты ни шел, всегда идешь все-таки от себя. Отправная точка — это ты, твои чувства, знания, мера понимания, сопереживания, ненависти, любви. Но мои персонажи — это не я, это другие люди».
После начала специальной военной операции Раппопорт осудила действия российских властей и уехала в Италию. Однако актриса продолжает активно сниматься на родине, играть в театре и заниматься благотворительностью. Она остается главным попечителем фонда «Дети Б. Э. Л. А. Дети-бабочки», который помогает детям с буллезным эпидермолизом.