Президент РФС Николай Толстых подтвердил, что СКА принял решение сняться с чемпионата России-2012/13. После 20 матчей в зоне «Юг» второго дивизиона ростовская команда занимала последнее место в турнирной таблице. Информация о снятии СКА появлялась еще перед началом текущего сезона из-за сложной финансовой ситуации в клубе. «Ростовский СКА уведомил РФС о снятии. Исполком утвердил изменения в списке участников соревнований», — заявил Толстых.
За свою историю команда выступала под следующими названиями: Ростовский Окружной Дом Красной Армии (РОДКА) в 1937 — 1946, Окружной Дом Офицеров (ОДО) в 1946 — 1957, Спортивный Клуб Военного Округа (СКВО) в 1957 — 1960, и в 1960 году ростовская команда приняла нынешнее название. СКА является серебряным призером чемпионата СССР 1966 года, обладатель Кубка СССР-1981 и финалист Кубка СССР 1969 и 1971 годов.
Дебют клуба в чемпионатах СССР состоялся в 1958 году. Команда выступила очень успешно. В первый же год СКВО Ростов занял первое место в своей зоне класса «Б» и выиграл переходный турнир в класс «А» (так тогда называлась высшая лига чемпионата СССР). Попав в элиту в 1959 году, где команда играла на протяжении 15 лет подряд. Всего СКА провел в Высшей лиге 21 сезон.
Шестидесятые годы — легендарная эпоха в истории армейского клуба. Команда входила в число лидеров советского футбола. В составе СКА выступали выдающиеся игроки — Виктор Понедельник, Юрий Шикунов, Юрий Мосалев и другие мастера. Ростовские футболисты играли за первую и олимпийскую сборную СССР. В 1963 году Олег Копаев стал лучшим бомбардиром чемпионата страны. Команду тренировали такие знаменитые наставники, как Виктор Маслов и Иожеф Беца.
В 1960, 1963 и 1964 годах СКА занимал четвертое место в первенстве, останавливаясь в нескольких шагах от медалей. Самый удачным для армейцев стал 1966 год. В этом сезоне клуб добился высшего достижения в своей истории. Команда стала обладателем серебряных медалей чемпионата страны. В 1989 же год стал роковым в истории команды. Армейцы опустились в зону «Центр» второй лиги, где они в 1990 году не смогли удержаться. Последний 54-й Чемпионат СССР СКА закончил в четвёртой зоне третьей лиги. А в чемпионатах России СКА смог достичь максимум 13-го места в первом дивизионе.
В разные времена за СКА выступали Валерий Газзаев, Александр Заваров, Валерий Масалитин, Игорь Ледяхов, Олег Веретенников, Александр Тарханов, Владимир Файзулин, Руслан Нигматуллин, Сергей Андреев и другие.