Сергей Фурсенко снова нашел себе работу в «Газпроме». Экс-руководитель отечественного футбола стал председателем совета директоров ООО «Газпром газомоторное топливо» — компании, которую руководство «Газпрома» решило создать в рамках консолидации активов, связанных с производством и реализацией газомоторного топлива. Председателем же правления и генеральным директором компании, как сообщает РБК, стал бывший вице-премьер и нынешний глава совета директоров «Газпрома» Виктор Зубков.
Таким образом, Фурсенко снова вернулся в структуру «Газпрома», откуда он уходил в Российский футбольный союз, став его президентом в феврале 2010 года. Впервые же в футбол функционер пришел в январе 2003 года, когда вошел в совет директоров питерского «Зенита», параллельно возглавляя дочернюю структуру «Газпрома» «Лентрансгаз». Через два года он возглавил совет директоров клуба сразу после того, как «Газпром» окончательно утвердился в роли генерального спонсора команды, приобретя контрольный пакет акций «Зенита». В январе 2006 года Фурсенко стал президентом «Зенита» ввиду того, что должность председателя совета директоров была упразднена. При нем в команде летом появился голландский тренер Дик Адвокат, с которым «Зенит» спустя год впервые в российской истории стал чемпионом страны.
Питерский клуб стал одной из сильнейших команд России, а также базовой командой сборной страны. В марте 2008 года Фурсенко оставил должность президента «Зенита», став генеральным директором «Национальной медиагруппы», однако построенная Фурсенко и Константином Сарсанией команда в мае 2008-го выиграла Кубок УЕФА, а спустя три месяца – Суперкубок Европы, обыграв «Манчестер Юнайтед».
В декабре следующего года было объявлено о выдвижении Фурсенко в кандидаты на пост президента РФС в связи с чем, что эту должность оставил министр спорта, туризма и молодежной политики Виталий Мутко, возглавляв РФС пять лет. Фурсенко выиграл выборы с 95-ю голосами, отданными ему на внеочередной конференции РФС. На своем первом выступлении после выборов новый президент провозгласил задачу добиться победы сборной страны на чемпионате мира 2018 года, на проведение которого претендовала Россия, получившая это право в декабре того же года от исполкома ФИФА.
Сам же президент начал проводить глобальные реформы в отечественном футболе, которые, в первую очередь, были связаны с переведением чемпионатов в премьер-лиге, первом и втором дивизионах на принятую в большинстве европейских стран систему «осень-весна». Новая схема удовлетворяла, по сути, только ряд топ-клубов, из года в год участвовавших в еврокубках, в то время как остальные команды во всех дивизионах не были готовы к таким переменам по причине отсутствия должной инфраструктуры в условиях сурового российского климата. Несмотря на такую неготовность, премьер-лига, а затем и исполком РФС в сентябре 2010 года утвердили переход, что вылилось в проведение «переходного» чемпионата РФПЛ, растянувшегося на 1,5 года. При этом под давлением Фурсенко и РФС была упразднена проводившая чемпионаты остальных двух дивизионах ПФЛ, которая могла бы помешать таким изменениям.
По инициативе Фурсенко появился пресловутый Кодекс чести, написанный для футболистов, чиновников, болельщиков, журналистов, который впоследствии стал объектом насмешек по причине его полного несоблюдения. Фурсенко принадлежит идея создания и Комитета по этике РФС, функцией которого должно было стать рассмотрение резонансных дел в российском футболе. Состав комитета формально был неоднородным: в него входили как представители футбола, так и власти, культуры, спортивной журналистики. Однако на деле комитет не стал независимой структурой – он не мог самостоятельно инициировать дела, а его решения, как это произошло по итогам «дела Никезича», легко и успешно оспаривались в арбитраже. Не сумел комитет признать и факт «странного» характера в ряде матчей «переходного» чемпионата страны прошлого года. А после ухода с поста его главы Алу Алханова комитет свою работу фактически прекратил. Не реанимировал его и приход бывшего секретаря Союза России и Белоруссии Павла Бородина.
Сборная России, под руководством приглашенного Фурсенко Адвоката, отобралась на Евро-2012 в Польше и Украине, однако не смогла выйти из достаточно легкой группы, проиграв в заключительном решающем матче команде Греции. В июне этого же года на встрече с президентом РФС Владимиром Путиным Фурсенко подал в отставку, сохранив лишь за собой место в исполкоме УЕФА, а также войдя в состав президентского совета по спорту. Исполком УЕФА в Санкт-Петербурге осенью он пропустил, появившись на нынешнем заседании организации в Лозанне.
Помимо переводом схемы чемпионата на систему «осень-весна» и Кодексом чести, Фурсенко запомнился, что после себя оставил РФС в долгах в размере 800 млн рублей, передав коммерческие права союза в залог одному из банков, а также и тем, что едва не подписал контракт с Роберто Манчини, который должен был стать новым главным тренером сборной.