Цивилизация
Новые доказательства
«Мы считаем, что SARS-CoV-2 является аномалией — скорее всего, продуктом синтетической сборки генома, а не естественной эволюции. Мы сообщаем о высокой вероятности того, что SARS-CoV-2 мог возникнуть как инфекционный клон, собранный in vitro,» — так пишут в недавно опубликованном препринте (научная статья, не прошедшая рецензирования) ученые Валентин Бруттель (университетская клиника Вюрцбурга — Германия), Алекс Уошберн («Сельва Аналитикс» — частная компания из США) и Антониус ВанДонген (Университет Дьюка, США).
Опубликованный препринт дает новое основание для гипотезы о том, что коронавирус (Sars-CoV-2) мог «убежать» из лаборатории в китайском Ухане, в конечном итоге спровоцировав глобальную пандемию.
Исследователи утверждают, что обнаружили в геноме SARS-CoV-2 своего рода «отпечаток пальца» генного инженера, оставшийся в результате целенаправленных манипуляций с вирусом.
Этим отпечатком, по мнению авторов статьи, является регулярно повторяющийся паттерн (сайт рестрикции — особый отрезок) в геноме вируса, используемый генными инженерами для разрезания и сшивания фрагментов ДНК.
По словам Валентина Бруттеля, которые приводит немецкий телеканал NTV, «ученые, которые генетически модифицируют РНК-вирусы (такие как SARS-CoV-2), сначала собирают генетический состав из отдельных строительных блоков ДНК. Один из часто используемых методов (такой сборки) предполагает, что после манипуляций в геноме можно увидеть оставшиеся «участки распознавания» вблизи мест соединения этих строительных блоков, а именно: характерный закономерный узор».
Бруттель и его коллеги сравнили друг с другом геномы известных искусственно созданных вирусов и естественных вирусов. «В естественных вирусах места обнаружения (паттерны) распределены совершенно случайным образом», — рассказал Бруттель NTV. – «Однако в случае генетически собранных (искусственных) вирусов они всегда появляются по определенной, обусловленной производством схеме».
Ученые обратили внимание на то, что этот паттерн можно найти в SARS-CoV-2, но не в близкородственных вирусах. Их предварительные результаты показали, что вероятность естественного появления этого паттерна составляет не более 1 из 100, а то и намного ниже.
По мнению Бруттеля, этот узор можно сравнить с отпечатком пальца на орудии преступления. «Мы показали, что крайне маловероятно, что такой паттерн, который также обнаружен по крайней мере в десяти других синтетических РНК-вирусах, появился в SARS-CoV-2 чисто случайно», - приводит его слова NTV.
«Поваренная книга»
Кроме того, ученые указывают в своей статье на «поваренную книгу» с рецептом, — а именно статью 2014 года «Обратные генетические системы коронавируса: инфекционные клоны и репликоны», где даны инструкции: как именно должен быть собран коронавирус.
Как утверждают авторы препринта, по схеме, приведенной в этой статье, и был собран синтетический SARS-CoV-2.
«Газета.Ru» обратилась к руководителю лаборатории геномной инженерии МФТИ Павлу Волчкову, который в своей практике также занимается синтезом вирусов с помощью метода обратной генетики, с просьбой оценить приведенную статью на предмет популярности ее «рецепта».
«Статья 2014 года является популярной в кругах ученых, которые занимаются синтезом вирусов методом обратной генетики», — говорит Павел Волчков. – «Если вы будете заниматься обратной инженерией коронавируса, вы, несомненно, будете следовать некоей инструкции. Сначала нужно посмотреть на генетическую последовательность первоначального коронавируса, которой у нас по понятным причинам нет. Дальше следовать приведенной инструкции. Потом, после разных генетических манипуляций, вы получаете некий коронавирус. И дальше опытный глаз смотрит на картинку, приведенную в препринте (Figure 3 на стр.7), и видит ровно те же самые сайты рестирикции, которые надо «вставить по инструкции» уже в нужных местах генома SARS-CoV-2. С моей точки зрения, — это «шах и мат», — говорит Павел Волчков.
Критика
Тем не менее далеко не все специалисты согласны с приведенными доказательствами. Среди наиболее известных критиков — иммунолог Кристиан Андерсен из Исследовательского института Скриппса (США). Он называет работу «бессмыслицей», заявляя, что исследование «настолько ошибочно, что его не приняли бы даже в детском саду молекулярной биологии».
Немецкий вирусолог Фридеманн Вебер, возглавляющий Институт вирусологии Гиссенского университета, утверждает, что также возможно генетически манипулировать вирусами, не оставляя следов, упомянутых Бруттелем и его коллегами, — «и это экономит время, деньги и труд».
«Газета.Ru» также получила комментарий у давнего защитника теории естественного происхождения коронавируса, старшего научного сотрудника Института проблем передачи информации имени А. А. Харкевича РАН, российского биоинформатика Александра Панчина.
По его словам, все указанные сайты рестрикции в тех же местах встречаются и у природных коронавирусов, причем некоторые из них открыли уже после SARS-CoV-2.
«Ранее была проведена реконструкция предкового генома SARS-CoV-1, SARS-CoV-2 и родственных вирусов (Научная статья The comparative recency of the proximal ancestors of SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2) и у этого предка все эти сайты были. Что не согласуется с утверждением, что эти сайты якобы вставляли какие-то генные инженеры», - говорит Александр Панчин.
По словам биоинформатика, с упомянутым препринтом много и других проблем.
«Например, непонятно почему выбраны именно эти сайты рестрикции, а не другие, в том числе более популярные у генных инженеров. Наиболее вероятный ответ заключается в том, что только с такими сайтами получился сенсационный заголовок, но в таком случае при статистической обработке результатов необходимо учитывать поправку на множественные сравнения, чего сделано не было. Но даже с этими сайтами, даже у этих авторов в работе можно увидеть природные коронавирусы, у которых все еще более «аномально», чем у SARS-CoV-2,» — утверждает Панчин.
Ученый уверен, что «эта сенсация ни о чем, как и все предыдущие некорректные доказательства искусственности SARS-CoV-2».
Доводы «за»
Профессор кафедры геномики и биоинформатики СФУ и Гёттингенского университета Константин Крутовский считает, что смысл в рассуждениях Александра Панчина есть, однако авторы все-таки не специально подобрали распределение этих сайтов рестрикции, — они действительно часто используются генными инженерами для разрезания и сшивания фрагментов ДНК с помощью специальных ферментов — рестриктаз.
«То, что эти сайты встречаются в природных вирусах — недостаточный аргумент — надо сравнивать не просто встречаемость, а вероятность случайного совпадения распределений этих сайтов в сравниваемых геномах, — утверждает Крутовский. — Сайты, о которых идет речь, в рассматриваемом препринте действительно подозрительно равномерно распределены, и их места расположения в геноме соответствуют размерам фрагментов, которые часто используются генными инженерами, как это показано в публикациях о синтетических вирусах».
Кроме того, по мнению Крутовского, было бы интересно, как Александр Панчин и другие известные биоинформатики объяснили бы отмеченную авторами препринта аномально высокую частоту синонемичных (однозначных) позиций нуклеотидов, и какова вероятность, что это случайность. «То есть это выглядит так, как будто те, кто конструировал этот вирус, сознательно старались не нарушить последовательность аминокислот в этих участках рестрикции в генах, кодирующих белки», — говорит эксперт.
Профессор Крутовский считает, что эта работа (препринт) не поставила точку в поисках источника нынешней пандемии COVID-19, и не ответила категорично и однозначно на вопрос об искусственности коронавируса, но дополнительные сомнения о его природном происхождении она все же вызывает.