Первый эпизод детского вечернего шоу «Спокойной ночи, малыши!» вышел 1 сентября 1964 года на Второй программе Центрального телевидения СССР. Идея запустить подобную передачу пришла главному редактору программ для детей и подростков Валентине Федоровой после посещения ГДР, где она увидела популярный в Европе мультсериал о песочном человечке. Согласно сюжету, этот персонаж европейской анимации сыплет заигравшимся допоздна детям в глаза волшебный песок, который заставляя их засыпать.
У истоков передачи стояли Эдуард Успенский, Александр Курляндский, Роман Сеф и другие деятели культуры. При создании проекта авторы долго спорили над его названием, изначально обсуждая такие варианты, как «Вечерняя сказка», «Сказка на ночь», «В гостях у волшебного человечка Тик-Так» и просто «Спокойной ночи». Буквально за день до первого эфира у шоу появилось бессменное название «Спокойной ночи, малыши!».
На протяжении нескольких лет передача представляла собой сменяющиеся картинки с закадровым текстом. Позднее создатели усовершенствовали шоу, привнеся в него мини-пьесы и кукольные спектакли. Первыми куклами в «Спокойной ночи, малыши!» были Буратино и заяц Тепа, которых сменили куклы Шустрик и Мямлик, изготовленные в театре Сергея Образцова. В некоторых эпизодах участвовали известные театральные актеры, рассказывавшие присутствующим в студии детям сказки.
За полвека передача сменила множество ведущих — в разное время почетный пост занимали Владимир Ухин, Валентина Леонтьева, Ангелина Вовк, Татьяна Веденеева, Юрий Николаев, Амаяк Акопян, Юрий Куклачев, Анна Михалкова, Дмитрий Маликов, Оксана Федорова и многие другие. В 1990-е программа была на грани закрытия из-за творческого кризиса, но выстояла. Сейчас в ее активе три ТЭФИ и эфиры на телеканалах «Карусель», «Культура» и «Россия-1».
Впервые за свою историю передача не выходила 11 ноября 1982 года, на следующие сутки после смерти Леонида Брежнева. В дни траура Леонтьева вела шоу только с одним персонажем — псом Филей. В этот же период создателям передачи запретили использовать в эфире кукольных персонажей. По словам сценариста Андрея Меньшикова, персонаж Хрюша мог оскорблять чувства мусульман.
«Самого симпатичного из всех этих монстриков [Хрюшу] запретил ЦК партии, потому что, по мнению руководителей наших восточных мусульманских республик, считалось, что свинья не имеет права убаюкивать мусульманских детей», — говорил Меньшиков.
Редакция программы была завалена письмами с просьбами вернуть любимых героев, но этого не происходило вплоть до 1990 года.
Также шоу не выходило в эфир с 11 по 21 февраля 2014 года из-за трансляций соревнований Зимней Олимпиады в Сочи, а с марта того же года перестало выходить по пятницам. Позднее передача отсутствовала в эфире из-за временного расширения новостных и политических программ.
На протяжении всей истории существования шоу в нем появлялись новые персонажи. Развлекать детей ведущим помогали Буратино, Ерошка, кот Цап-Царапыч, попугай Кеша, Киндер-сюрприз и Бибигон из сказок Чуковского. В настоящее время остались пять наиболее известных героев, которые радуют малышей на протяжении десятилетий.
Самым старшим из оставшихся персонажей является пес Филя, появившийся в передаче в мае 1968 года. Первым умного и начитанного героя озвучивал Григорий Толчинский, а с 1988 года пес разговаривал голосом актера Сергея Григорьева.
«В программу я пришел кукловодом, а озвучивал персонажей другой актер — Игорь Галуненко, — рассказывал Григорьев в 2013 году изданию «Вести», — Но когда понадобилось переснять выпуск, его не оказалось в Москве, и режиссер сказал мне: «Значит, бери куклу и гавкай, пойдет Филя с твоим голосом».
Через два года после Фили появился заяц Степашка, ставший неким противовесом для чрезмерно активного пса. Всю свою карьеру на телевидении Степашка разговаривает голосом заслуженной артистки России Натальи Голубенцевой.
Через год после Степашки, в феврале 1971 года, к компании присоединился поросенок Хрюша. Его роль в «Спокойной ночи, малыши!» — организатор шалостей в отсутствие взрослых ведущих. Около 30 лет Хрюшу озвучивала актриса Наталья Державина, а сейчас поросенок говорит голосом Оксаны Чабанюк.
В 1979 году команда постоянных персонажей также пополнилась вороной Каркушей, которая стала своеобразным женским вариантом Степашки. Каркушу озвучивала Гертруда Суфимова, а ныне с этим персонажем работает Галина Марченко.
Самый молодой из постоянной пятерки героев — медведь Мишутка, который примкнул к своим «коллегам» в 2002 году. У этого персонажа есть некая предыстория: он живет в лесу, делает зарядку и мастерит разные поделки. Иногда Мишутка не понимает элементарных вещей, и другим персонажам приходится ему максимально подробно все объяснять. Мишутка говорит голосом Игоря Капатова.