— Елена Николаевна, вы работаете в НИИ дезинфектологии Роспотребнадзора и занимаетесь прочтением геномов коронавирусов, которые циркулируют в данный момент. Сколько сейчас секвенируется образцов вируса в неделю, месяц?
— Мы вышли на мощность 2 тыс. геномов в неделю. И таких организаций, которые активно секвенируют, достаточно много. Поэтому сейчас в российской базе уже около 14 тыс. геномов «омикрона», а всего образцов коронавируса около 90 тыс. Мы видим как «омикроны» линии ВА.1, так и небольшое количество ВА.2. Образцы приходят со всех регионов.
Поэтому нельзя сказать, что по России «идет волна». Это, скорее, общая вспышка, со всех сторон примерно одинаковая. Я ожидала увидеть какую-то разницу между Москвой и удаленными регионами, но оказалось, что ее нет.
— Как меняется соотношение количества образцов с «омикроном» и «дельтой», если взять прошедшие полтора месяца?
— Когда мы уходили на новогодние каникулы, у нас была повсеместная «дельта». Когда мы вернулись с новогодних каникул, то увидели повсеместное доминирование «омикрона». Но «дельта» не ушла полностью, она осталась. И соотношение между «дельтой» и «омикроном» примерно одинаково во всех регионах на протяжении целого месяца после новогодних каникул.
— Получается, «омикрон» не вытесняет «дельту»?
— До конца он ее не вытеснил. Мы видим примерно 70%-80% «омикрона» и примерно 20% «дельты». Уже месяц соотношение «омикрона» и «дельты» в популяции остается одинаковым. Нельзя сказать, что «дельта» уходит.
— Сколько отсеквенированных вами «омикронов» принадлежит линии ВА.1?
— Примерно 95%. И 5% — это вторая линия. Третью мы не находили.
— И количество «омикронов» второй линии тоже остается одинаковым? Нельзя сделать вывод, что ВА.2-«омикрон» более заразен?
— Пока нельзя. Мы видим генетические отличия, но присутствие BA.2 не нарастает. И по клинике вторая линия особо не отличается.
— Некоторое время назад была публикация кипрских ученых, которые обнаружили рекомбинант «дельтакрон». Вы наблюдали таких мутантов?
— Действительно, такая публикация была, но вскоре после ее выхода появились комментарии о том, что это могла быть контаминация (загрязнение). Поскольку мы наблюдаем одновременную циркуляцию «омикрона» и «дельты», я думаю, что ученые действительно могли принять смешанную популяцию за рекомбинант.
«Омикрон» и «дельта» отстоят друг от друга достаточно далеко. По своему происхождению это параллельные линии.
С учетом того, что появилась всего лишь одна научная публикация и больше вопрос существования «дельтакрона» не поднимался, скорее всего, это ошибка.
— Вы получаете вирусы для секвенирования из мазков?
— Да, исключительно назофарингеальные мазки. Они собираются в разных регионах России от пациентов. Потом на месте их тестируют, отвечая на вопрос: действительно ли эти мазки содержат целевой вирус — в данном случае коронавирус? Потом уже пробы доставляют нам специальными транспортными компаниями для углубленного тестирования.
— Сколько проб помещается в секвенатор, если иметь в виду одну партию? Сколько по времени происходит секвенирование?
— Как правило, мы загружаем порядка 400–600 проб каждый день. Так как у нас довольно мощный секвенатор PromethION Oxford Nanopore, мы работаем на третьем поколении, то он эти 600 образцов читает часов 8–9. Ночью читает, утром снимаем, и следующая загрузка. В нем 24 ячейки, в каждую умещается по 96 образцов.
— Вы их секвенируете, а что дальше?
— Дальше мы все геномные сиквенсы закладываем в российскую базу VGARus. Она функционирует в Роспотребнадзоре с июня 2021года. Эта база постоянно заполняется, ее данные можно анализировать, смотреть какие-то закономерности по изменчивости вируса. Туда же подгружаются данные по пациентам.
— Вы изучали микробиомы, поэтому вас особенно хочется расспросить о пневмонии, которая часто следует за заражением SARS-CoV-2. Одни врачи говорят, что при COVID-19 нередко к вирусной присоединяется бактериальная пневмония. Другие врачи, наоборот, считают, что присоединение такого рода происходит не часто и поэтому не прописывают антибиотики. Что наблюдаете вы?
— Стоит различать вирусный пневмонит (или альвеолит) и собственно пневмонию — воспаление, вызванное бактериальной инфекцией. В тяжелых случаях бактериальная инфекция присоединяется к этому самому пневмониту или альвеолиту. То есть та пневмония, которая является осложнением коронавирусной инфекции, – это уже не вирусная пневмония. Она всегда бактериальная.
— А какие бактерии присоединяются обычно?
— Те же самые бактерии, которые традиционно вызывают госпитальную пневмонию. Этот список во всем мире примерно одинаков. Это, как правило, Acinetobacter — разные, преимущественно Acinetobacter baumannii, синегнойная палочка, Pseudomonas aeruginosa, это Klebsiella pneumoniae, стафилококки. Большинство этих возбудителей произошли от почвенных бактерий, от которых они сохранили способность выживать в местах общего пользования, на унитазах, на раковинах, на других поверхностях. Часто присоединению бактериальной госпитальной инфекции способствует кислородотерапия.
— Почему это происходит?
— Как только вы включаете любую принудительную вентиляцию легких, а подача кислорода – это принудительная вентиляция, вы способствуете обмену бактериальной флорой между верхними и нижними дыхательными путями.
Во рту и носу человека всегда много бактерий. Но слизистая выполняет барьерную функцию, она абсорбирует на себя микроорганизмы в нормальном состоянии. При использовании кислородотерапии вы волей-неволей потоком воздуха заносите бактерии и носа, и рта в трахею и легкие.
— Как быстро коронавирусы вырабатывают устойчивость к препаратам на основе моноклональных антител?
— Это препараты направленного действия. В этом их плюс и минус. Моноклональные антитела подбираются к определенному типу вируса. И поэтому совершенно не факт, что моноклональные антитела, которые прекрасно работают, например, против штамма «дельта», будут работать против «омикрона». Проблема моноклональных антител именно в этом — они очень специфичны.