В ночь на 26 декабря 1941 года советские войска, лишь совсем недавно сдавшие Керчь наступавшему противнику, вернулись в Крым в результате довольно сложного и дерзкого маневра, получившего название Керченско-Феодосийская десантная операция Закавказского фронта. В этот период Красная армия, пополнившаяся многочисленными резервистами, готовилась перейти в наступление по всем фронтам, а гитлеровские войска выдыхались и теряли темп. Кроме того, стало известно, что сразу после захвата Керченского полуострова немецкое командование перебросило все основные силы на штурм Севастополя, не ожидая столь скорого возвращения выбитого с полуострова противника.
Для десанта пришлось использовать все, что подвернулось под руку, — мобилизованные для военных нужд катера, рыболовные сейнеры и даже баржи, — а в число десантников включали необученных новобранцев, однако на первых порах операцию ждал успех. Задачей-максимум этого наступления было деблокирование осажденного Севастополя, разгром немецких и румынских войск, занявших осенью 1941 года Крымский полуостров, и создание условий для его полного освобождения. Однако начавшееся наступление вскоре остановилось, и уже в мае 1942 года в результате ответной операции вермахта под названием Trappenjagd — «Охота на дроф» — советские войска потерпели жестокое поражение: высадившиеся десантники либо погибли, либо эвакуировались назад через Керченский пролив, либо попали в плен, либо ушли вместе с мирными жителями и партизанами в Аджимушкайские каменоломни под Керчью, откуда нацистские каратели их поэтапно выкуривали отравляющими газами. Почти все 10-13 тыс. бойцов, скрывавшихся в каменоломнях, погибли.
5 января 1942 года производилась также высадка десанта в Евпаторию, и одновременно в городе вспыхнуло восстание, в результате чего румынский гарнизон из города удалось выбить. Но уже 7 января подтянутые немцами резервы вновь заняли Евпаторию, и тот десант частично погиб в неравном бою, а частично попал в плен. В конце января практически полностью полег также и высаженный 6 января Судакский десант, пару недель героически оборонявший захваченный плацдарм в рамках «операции отвлечения».
В результате всех этих усилий и жертв удалось на время предотвратить захват Севастополя и продвижение гитлеровских войск на Кавказ, продемонстрировав к тому же возможность успешного проведения наступательных операций Красной армией.
Однако Крымский фронт на Керченском полуострове перетянул на себя слишком многие ресурсы оборонявшегося Севастополя, в том числе и снабжение артиллерийскими снарядами, которых крайне не хватало этому городу. Летом 1942 года Севастополь — после героической обороны — был сдан и освобожден вновь лишь в мае 1944 года. Безвозвратные потери в результате Керченско-Феодосийской операции оцениваются в более чем 40 тыс. советских военнослужащих и до 10 тыс. со стороны их противников. Встречаются также оценки в 150 тыс. убитых.
Первоначально десантная операция проводилась ночью в условиях шторма. Противник оказывал упорное сопротивление. Многие корабли получали повреждения от артиллерийско-минометного огня, часть из них была потоплена в результате этого обстрела или затонула в результате шторма. 26 декабря высадка проводилась в районе Керчи, а 29 декабря — в порту Феодосии. Изначальная численность десанта составила свыше 40 тыс. бойцов, однако большие потери вызывало то, что десантирование проводилось в основном на не предназначенных для этого судах, не способных заходить на мелководье. Пехота была вынуждена выпрыгивать в ледяное море и двигаться к берегу по грудь в воде, страдая от переохлаждения. Через несколько дней ударил мороз, и дальнейшая высадка проводилась уже по льду замерзшего Керченского пролива. Первоначальное превосходство в численности войск и техники было на советской стороне: в живой силе — в два с лишним раза, в артиллерии и минометах — в 2,8 раза, в боевых самолетах — в 2,3 раза.
Удаче десантирования способствовало то, что в то время Керченский полуостров защищала лишь одна немецкая дивизия, все остальные силы вермахта были брошены на осаду Севастополя. Высаживающиеся в Керчи и Феодосии советские войска обладали многократным превосходством, эта ситуация угрожала оставшимся немецким войскам окружением, и командующий этими войсками генерал Ганс фон Шпонек поторопился отдать приказ к отступлению. Избежав окружения, он оставил все тяжелое вооружение и нарушил пришедший с запозданием приказ держать оборону. Фон Шпонек в дальнейшем был отстранен от командования, отдан под суд и расстрелян 23 июля 1944 года по приказу Гиммлера.
Немецкое командование было вынуждено срочно перебрасывать войска из-под Севастополя навстречу наступающей Красной армии, которая, впрочем, не спешила развивать успех.
О том, насколько на тот момент выглядело угрожающим положение немецких войск на Крымском полуострове, свидетельствуют высказывания командующего 11-й армией, захватившей Крым, — будущего победителя Севастополя генерала-фельдмаршала Эриха фон Манштейна — неформального лидера немецкого генералитета. В своих воспоминаниях он писал об этом так: «Если бы противник использовал выгоду создавшегося положения и быстро стал бы преследовать 46-ю пехотную дивизию от Керчи, а также ударил решительно вслед отходившим от Феодосии румынам, то создалась бы обстановка, безнадежная не только для этого вновь возникшего участка… Решалась бы судьба всей 11-й армии…»
При этом командующий войсками свежесформированного Кавказского фронта генерал-лейтенант Дмитрий Козлов до последнего откладывал продолжение наступления, ссылаясь на недостаток сил и средств. К тому же у него возник конфликт с представителем Ставки Верховного Главнокомандования Львом Мехлисом.
Мехлис так об этом докладывал Сталину: «Прилетели в Керчь 20.01.42 г. Застали самую неприглядную картину организации управления войсками… Комфронта Козлов не знает положения частей на фронте, их состояния, а также группировки противника. Ни по одной дивизии нет данных о численном составе людей, наличии артиллерии и минометов. Козлов оставляет впечатление растерявшегося и неуверенного в своих действиях командира. Никто из руководящих работников фронта с момента занятия Керченского полуострова в войсках не был…»
Лев Мехлис предлагал заменить командующего Крымским фронтом на Рокоссовского, Клыкова или кого-то еще, однако Сталин ему в этом отказывал: «Вы требуете, чтобы мы заменили Козлова кем-либо вроде Гинденбурга. Но вы не можете не знать, что у нас нет в резерве гинденбургов. Дела у вас в Крыму несложные, и вы могли бы сами справиться с ними. Если бы вы использовали штурмовую авиацию не на побочные дела, а против танков и живой силы противника, противник не прорвал бы фронта и танки не прошли бы. Не нужно быть Гинденбургом, чтобы понять эту простую вещь, сидя два месяца на Крымфронте».
Мехлис конфликтовал с командующим, искал вредителей, наступление откладывалось, а оборона при этом, вопреки указаниям Генштаба, не укреплялась. Позже генерал армии Сергей Штеменко так описывал роль Мехлиса во всех этих крымских событиях в своих воспоминаниях «Генеральный штаб в годы войны»: «Еще в конце января 1942 г. Ставка направила туда в качестве своего представителя Л. З. Мехлиса. Из Генштаба с ним поехал генерал-майор П. П. Вечный. Они должны были помочь командованию фронта подготовить и провести операцию по деблокированию Севастополя. Мехлис, по своему обычаю, вместо того, чтобы помогать, стал перетасовывать руководящие кадры. И прежде всего он заменил начальника штаба фронта Толбухина генерал-майором Вечным».
Между тем тот же Манштейн свидетельствовал: «В первые дни января 1942-го для войск, высадившихся у Феодосии и подходивших со стороны Керчи, фактически был открыт путь к жизненной артерии 11-й армии, железной дороге Джанкой — Симферополь. Слабый фронт охранения, который нам удалось создать, не мог бы устоять под натиском крупных сил. 4 января стало известно, что у противника в районе Феодосии уже было 6 дивизий».
В результате того, что боевой порядок Крымского фронта не был вовремя перестроен, разразилась Керченская катастрофа 1942 года. Советские войска были разбиты, завоеванный плацдарм исчез, 19 мая 1942 года Крымский фронт был расформирован.
4 июня 1942 года директивой Ставки «О причинах поражения Крымского фронта в Керченской операции» Козлов был понижен в воинском звании до генерал-майора с рекомендацией использовать его на менее ответственной работе, а Мехлис был понижен в звании сразу на две ступени — до корпусного комиссара — и снят с поста заместителя наркома обороны и начальника Главполитупра РККА. Однако позже они получили новые должности: Козлов 30 августа 1942 года был назначен командующим 24-й армией, принимавшей участие в Сталинградской битве, а Мехлис побывал членом военных советов разных фронтов. Отдуваться же за их «несложные дела» пришлось рядовым солдатам и их командирам, гибнущим в осажденном Севастополе.