Российские ученые из НИИ гриппа им. Смородинцева ИППИ РАН и других исследовательских центров обнаружили новый вариант коронавируса — за четыре месяца в организме пациентки с лимфомой вирус менялся, накопив 18 мутаций. Препринт исследования был опубликован на портале virological.org, результаты исследования «Газета.Ru» обсудила с авторами.
47-летняя пациентка с неходжкинской лимфомой IV стадии была госпитализирована для плановой химиотерапии с 27 марта по 17 апреля. 10-16 апреля она находилась в одной палате с пожилой женщиной, у которой позже оказался положительный результат анализа на коронавирус. Вскоре после выписки у пациентки появились симптомы коронавирусной инфекции, результат теста оказался положительным. Мазки, взятые в мае-июле, показывали отрицательный результат, но почти до конца августа у пациентки наблюдались симптомы тяжелой формы COVID-19. В августе и начале сентября мазки снова были положительными, после 9 сентября и вплоть до середины декабря — отрицательными. На данный момент пациентка продолжает лечение от лимфомы.
Анализ генома вируса, от которого пострадала пациентка, показал 25 генетических отличий от эталонного штамма SARS-CoV-2 из Уханя. 18 мутаций оказались специфичными для конкретной пациентки.
Интересно, что две мутации были идентичны тем, которые наблюдались у штамма, поразившего норок в Дании. При этом, однако, штамм пациентки не был филогенетически связан с датским вариантом вируса. Имелись сходства и с «британским» штаммом коронавируса.
Аналогичные мутации наблюдались и у других пациентов c подавленной иммунной системой, отмечают авторы работы. Однако делать выводы о том, к каким последствиям могут привести такие изменения, пока рано.
«Британский штамм — это букет мутаций. Южноафриканский штамм — это другой букет мутаций. Наш штамм — это третий букет мутаций, и некоторые из этих мутаций пересекаются. Кроме того, есть мутации, которые возникали в других пациентах с подавленной иммунной системой, и некоторые из этих мутаций совпадают с нашим, с британским и южноафриканским штаммами.
По такому совпадению между мутациями можно пытаться понять, что они делают, кроме того, есть какие-то экспериментальные данные на эту тему, но сейчас эта работа в самом зачатке.
Сейчас мы только начинаем разбираться с эффектами этих мутаций по отдельности, — рассказал «Газете.Ru» профессор «Сколтеха», заведующий сектором молекулярной эволюции ИППИ РАН Егор Базыкин, один из авторов работы. — Можно точно сказать, что букет мутаций в британском варианте связан с более быстрым распространением вируса. То же самое можно сказать и про южноафриканский вариант. А вот про общее действие этих мутаций, которые наблюдались только один раз, в том числе в описанной нами пациентке, сказать пока что нельзя, к сожалению, ничего».
«Мутации — это естественный процесс существования возбудителей, это просто ошибки при их репродукции, которые возникают всегда. То, что происходит — это просто закономерно»,
— добавляет и.о. директора НИИ гриппа им. Смородинцева Дмитрий Лиознов, соавтор работы.
Такие мутации вполне могут независимо возникнуть и у других людей, отмечают ученые.
«Вирус мутирует непрерывно и представлен на планете в таком количестве вирусных частиц, что можно уверенно сказать, что каждая возможная мутация произошла хотя бы по разу, — поясняет Базыкин. — И это означает, что сейчас речь скорее идет не о конкретных мутациях, а об их сочетаниях. Какие-то сочетания мутаций, например, по-видимому, дают британскому варианту преимущество в скорости распространения. Какие именно из этих мутаций окажутся важными — сказать очень трудно, это требует дальнейшего исследования. Из-за того, что мы не знаем, какие мутации оказываются важными, очень сложно предсказать, когда они будут возникать».
Самый лучший способ предотвратить возникновение новых вариантов вируса — минимизировать число случаев, подчеркивает ученый.
«Если никто вирусом не болеет, вируса в природе нет, он и мутировать тоже не может, — говорит он. — И, я думаю, новые мутации сейчас будут возникать в странах, где случаев много, в том числе и в России, и не будут возникать там, где случаев мало — например, в Австралии или Новой Зеландии».
Впрочем, существующие мутации пока что не влияют на тяжесть течения заболевания — известны лишь варианты, которые быстрее распространяются. Не исключено, что такие изменения произойдут в будущем, однако пока что мутаций, усугубляющих симптомы COVID-19, ученые не видели.
Вряд ли изменения в вирусе повлияют на эффективность вакцинации, считают ученые — по крайней мере, в ближайшей перспективе.
«Это единичный случай, касающийся одного пациента, — говорит Лиознов. — Сегодня мы видим, что даже те мутации, которые появляются у вирусов, вряд ли повлияют на эффективность того иммунитета, который формируется после заболевания или в результате вакцинации. Это связано с тем, что наш иммунный ответ гораздо шире и он нацелен на различные части белка, образующего шипы вируса. Поэтому мы надеемся, что все будет работать».
«Те работы, которые сейчас есть, показывают, что существующие варианты, в том числе британский вариант, остаются чувствительными к иммунитету, который выработан в ответ на вакцинацию — то есть, вакцины продолжают работать, — подтверждает Базыкин. — Поэтому сейчас вакцинация — самый мощный инструмент, который у нас есть, не только для решения эпидемиологических проблем, но и для предотвращения новых мутаций.
В принципе, нельзя исключить, что в будущем будут возникать новые мутации, которые сделают вирус новым с точки зрения нашей иммунной системы, сделают его незнакомым. В такой ситуации придется вакцину время от времени обновлять — как в случае с вирусом гриппа, от которого мы каждый год разрабатываем немного другую вакцину.
Это гораздо дешевле, гораздо проще, чем создавать новую вакцину. И если коронавирус останется с нами на многие годы, совершенно не исключено, что придется так делать. Но пока что оснований для этого нет».
Схожие мутации способны независимо возникать в разных частях света, и важно отслеживать и контролировать новые случаи — это позволит снизить распространение инфекции.
«Сейчас мы знаем, что есть некоторые сочетания мутаций в Великобритании и Южной Африке, про которые точно известно, что они очень неприятные, — поясняет Базыкин. — И, если возможно предотвратить их проникновение в Россию, это нужно безусловно делать. Мы сейчас видим, что именно эти варианты распространяются — британский вариант распространяется по Дании, Ирландии, другим странам, и там растет число заражений. Но это происходит потому, что не удалось предотвратить проникновение одного и того же варианта в разные страны, а не потому, что там возникли новые варианты.
Прямо сейчас угрозу представляют эти варианты, а не какие-то новые. Они, честно говоря, вызывают у меня большое опасение».
Базыкин подчеркивает — сейчас важно сфокусироваться на известных вариантах, у которых есть уже изученные вредные свойства, и попытаться предотвратить их проникновение в Россию или, по крайней мере, сдержать их распространение.