В ночь на 15 июня 1940 года СССР выдвинул Литве ультиматум, в котором потребовал сформировать новое правительство, способное «честно выполнять» подписанный 10 октября 1939-го пакт о взаимопомощи между этими странами. Москва добивалась введения в республику дополнительных сил Красной армии. Литовское правительство было вынуждено принять условия из-за боязни полномасштабного вторжения. Настаивавший на сопротивлении президент Литвы Антанас Сметона остался в меньшинстве и бежал за границу.
Одновременно, в 2 часа 30 минут ночи, отряд сотрудников НКВД совершил нападение на пограничный пункт Латвии в Масленках. Погибли три латвийских пограничника, жена начальника кордона и ее сын-подросток. Остальные попали в плен. Подобные инциденты произошли и в других местах советско-латвийской границы.
16 июня советские войска завершили сосредоточение и развертывание у границ с Латвией и Эстонией. В тот же день, в 14.00, глава Совнаркома и по совместительству нарком иностранных дел Вячеслав Молотов вручил латвийскому и эстонскому посланникам в Москве ультиматумы. В них негативно оценивалась деятельность военного союза республик — Балтийской Антанты — и содержалось требование сформировать дружественные СССР правительства, а также допустить размещение новых частей РККА. Ввод войск Молотов представил как временную меру.
Состав правительств, по мнению наркома, должен был утверждаться при участии советских представителей в Риге и Таллине.
Правительства Латвии и Эстонии обвинялись в нарушении пакта о ненападении 1932 года и пакта о взаимопомощи, подписанного каждой из этих стран с СССР в 1939 году. Посланники тщетно пытались добиться смягчения выдвинутых советской стороной условий. Срок ультиматумов истекал для Латвии в 23.00, а для Эстонии в 24.00 16 июня 1940 года.
Вечером того же дня латвийский президент Карлис Улманис принял требования советской стороны под угрозой силового давления и подал в отставку. Правительство отвергло военный ответ, полагая, что отпор приведет к ненужному кровопролитию, но не спасет государство. В Эстонии похожим образом поступил президент Константин Пятс. В свою очередь, немцы, к которым обратился Улманис, отказались пропускать членов кабинета Латвии и армию в Восточную Пруссию.
17 июня 1940 года в 5 часов утра Красная армия нарушила сухопутную границу Латвии и уже через три часа, в 8.00, вступила на ее территорию с трех сторон в 15 местах. В современной латвийской историографии к этим событиям применяются термины «военная агрессия» и «оккупация». В книге «История Латвии. XX век» Дайны Блейере указывается, что введением войск Москва «нарушила ею же самой подписанные соглашения», главными из которых были Рижский мирный договор 1920 года и Договор о ненападении между Латвией и СССР 1932 года.
«Авторитарное решение Улманиса — не оказывать военного сопротивления агрессору — с военной точки зрения понять можно: он думал, прежде всего, о выживании нации и любой ценой хотел избежать больших жертв при превосходящей силе советских войск, — отмечается в «Истории…». – Но его решение не выразить даже дипломатического протеста против оккупации было, безусловно, ошибочным и заслуживает резкой критики. И все же даже это единоличное решение не затеняет самого главного: поведение жертвы, каким бы ни было оно в момент совершения преступления, не оправдывает убийцу, — а Советский Союз и явился убийцей независимости и существования Балтийских стран».
По мнению автора книги, действия Улманиса ничего бы не изменили для Латвии, что показал пример Литвы, президент которой Сметона бежал, не подписав никаких документов.
Тогда же, 17 июня 1940-го, части РККА вступили в Таллин. С Балтийского моря высадился десант. Советские военные запретили в Эстонии народные собрания. В течение суток у населения изъяли оружие. От местного военного министерства потребовали передать в распоряжение РККА ряд военных и гражданских объектов, включая всю артиллерию ПВО. Существует версия, что молодые эстонские офицеры были готовы противостоять вторжению, однако правительство предпочло капитулировать без боя. 18 июня в Таллин в качестве уполномоченного ЦК ВКП(б) по Эстонии прибыл Андрей Жданов. Под охраной броневиков РККА в эстонских городах прошли демонстрации с требованием отставки правительства.
В советской исторической литературе было принято писать, что население Латвии восторженно встречало советскую армию и даже браталось с красноармейцами. Введение войск подавалось официальной пропагандой как избавление латвийских трудящихся от «тирании помещиков и буржуазии». Если верить, например, Большой российской энциклопедии, уже 17 июня 1940 года демонстранты потребовали установления советской власти и присоединения Латвии к СССР. Напротив, в самой Латвии в наше время 17 июня отмечается как День оккупации республики.
18 июня в Ригу прибыл заместитель председателя Совнаркома СССР Андрей Вышинский, назначенный уполномоченным ЦК ВКП(б) по Латвии. А 20-го было сформировано марионеточное правительство под руководством профессора Августа Кирхенштейна. Министром внутренних дел стал популярный писатель Вилис Лацис, начальником политической полиции — Викентий Латковскис, командиром народной армии — генерал Роберт Клявиньш. Как утверждается в «Истории…», все они с разного времени поддерживали связи или сотрудничали с советской разведкой.
Правительство Кирхенштейна сразу же приступило к тотальной ликвидации всех общественных и политических организаций.
Постепенно возрастала роль Компартии Латвии. Задачей Вышинского являлось придание происходившим процессам видимости легальности. Для достижения этой цели в июле состоялись выборы в Сейм (парламент). Одновременно органы НКВД приступили к выявлению и депортации в СССР «враждебных элементов». На Лубянку доставили свергнутых руководителей всех трех республик: 16 июля — бывшего премьера Литвы Антанаса Меркиса, 22-го — Улманиса, 30-го — экс-президента Эстонии Пятса.
В эти же дни прошли массовые аресты осевших в Прибалтике белогвардейцев из Северо-Западной армии (СЗА) Николая Юденича, существовавшей в 1919-1920 годах. Так, генералу Михаилу Афанасьеву чекисты вынесли смертный приговор, приведенный в исполнение 22 июня 1941-го под Ригой. Аналогичная участь днем позже постигла другого известного участника Гражданской войны на стороне белых Мелетия Каллистратова, который стал в Латвии одним из лидеров русской общины.
В Эстонии премьер-министром стал поэт и писатель левых взглядов Йоханнес Варес.
В 1920-1930-е годы он посещал СССР и публиковал о нем восторженные статьи. В этой республике внеочередные выборы состоялись 14 июля. В современной Эстонии их результаты считаются сфальсифицированными. Тайна голосования отсутствовала, поскольку бюллетень опускал в урну не избиратель, а член комиссии. Историки Индрек Паавле и Тоомас Хийо характеризуют новый парламент 1940 года как «марионеточный». Согласно заключению историка Микелиса Рутковского, «избирательные кампании в республиках, организованные по «московскому сценарию», нарушили демократические гарантии Конституций суверенных балтийских государств, выборы были несвободными, недемократичными».
Уже 30 июля в Москву отправилась делегация из 20 депутатов нового созыва Сейма: они просили включить Латвию в состав СССР. 3-6 августа Верховный Совет СССР принял решение о присоединении этой страны, а также Эстонии и Литвы.