10 июня 1999 года генеральный секретарь НАТО Хавьер Солана отдал приказ о прекращении воздушных атак по Югославии, которые практически беспрерывно велись с 24 марта, приводя к человеческим жертвам, катастрофическим разрушениям и серьезно угрожая экологии региона. В тот же день Совет Безопасности ООН принял резолюцию №1244. Среди прочего документ, подчеркивая суверенитет и территориальную целостность Югославии, гарантировал существенную автономию и реальное самоуправление Косово.
Согласно резолюции, в мятежном крае создавалось международное гражданское присутствие по безопасности. Численность специально созданного и введенного в регион 12 июня миротворческого контингента KFOR со временем достигла 37 тыс. человек. Военнослужащие представляли 34 страны, из которых 24 входили в НАТО.
В основу резолюции был положен другой документ, разработанный и подписанный заинтересованными сторонами в начале июня — так называемый «план Мартти Ахтисаари», названный по имени президента Финляндии, представителя ЕС на переговорах с НАТО, Россией (представитель – премьер-министр Виктор Черномырдин) и Югославией (президент Слободан Милошевич). На переговорах Ахтисаари открыто угрожал югославам усилением бомбардировок в случае отказа от условий НАТО. Отрывки из стенограммы со ссылкой на Милошевича публиковала югославская газета «Недельни телеграф»:
«Ахтисаари начал заседание со следующего заявления: «Мы собрались здесь вовсе не для обсуждения или для переговоров»…
Милошевич взял документы и спросил: «Что произойдет, если мы не подпишем?» В ответ Ахтисаари отодвинул с центра стола вазу с цветами и красноречиво провел ладонью по полированной поверхности: «Белград будет как этот стол. Мы сразу начнем ковровые бомбардировки Белграда». Минута тишины, и затем он добавил: «Менее чем через неделю будет полмиллиона погибших».
Впоследствии СМИ, ссылаясь на германскую разведслужбу BND, утверждали, что за разработку и продвижение данного плана Ахтисаари получил крупную взятку от косоваров. В 2008 году бывший президент Финляндии стал лауреатом Нобелевской премии мира «за важные усилия в разрешении международных конфликтов на нескольких континентах на протяжении более трех десятилетий».
Резолюция Совбеза ООН предусматривала предотвращение возобновления боевых действий, поддержание и обеспечение соблюдения прекращения огня, гарантию вывода из Косово югославских военных, демилитаризация так называемой «Армии освобождения Косова» (АОК), создание условий безопасности для возвращения беженцев в свои дома и т. д.
В числе остальных постоянных членов Совбеза резолюцию №1244 поддержала Россия, что неоднозначно трактовалось политическими кругами двух стран. С одной стороны, в случае не подписания документа авиаудары НАТО продолжились бы. С другой, примкнув к инициаторам нападения на Югославию, Россия соглашалась с выдвинутыми Западом условиями разрешения конфликта. В самой пострадавшей стране такую позицию многие сочли предательством: в балканских событиях Россия единственная из крупных держав открыто симпатизировала Югославии.
Еще в апреле югославская Скупщина проголосовала за присоединение республики к Союзному государству России и Белоруссии. По мнению Югославии, поддержанной коллегами из Думы, это заставило бы НАТО прекратить нападение. Инициативу призвавших готовиться к объединению российских парламентариев заблокировал президент Борис Ельцин. Не согласился он и с другим думским предложением — направить в Югославию оружие и военных советников.
С миротворческой миссией в разгар авиаударов Белград посещали Егор Гайдар, Борис Немцов и Борис Федоров.
В ходе их визита НАТО временно останавливало бомбардировки. Как рассказывал впоследствии Немцов, российские депутаты пытались уговорить сербского Патриарха Павла и Папу Римского Иоанна Павла II просить Билла Клинтона прекратить атаку. Понтифик отказался, сославшись на то, что американский президент к нему не прислушается.
Тем не менее, некоторые неофициальные источники отмечали важную роль России в урегулировании напряженности. Якобы в обмен на одобрение резолюции Совбеза ООН глава российского МИД Игорь Иванов добился от госсекретаря США Мадлен Олбрайт смягчения условий подписанного югославами и НАТО накануне, 9 июня, военно-технического соглашения в Куманово.
Этот договор предусматривал прекращение бомбардировок Югославии в обмен на завершение боевых действий югославскими военными и силами МВД в Косово и их вывод из края в течение 11 дней. Кроме того, вдоль административной границы Косово и остальной Югославии создавалась зоны безопасности, а на территорию края вводились миротворцы KFOR.
В начале XXI века против подписавших Кумановский договор генерала югославской армии Светозара Марьяновича и генерала полиции Обрада Стевановича было возбуждено уголовное дело за то, что они «подписали капитуляцию». Впрочем, до суда дело не дошло.
10 июня 1999 года югославское командование приказало сухопутным силам прекратить всякую активность в Косово.
С полудня войскам предписывалось начать передислокацию на территорию Сербии, а в 13:00 командир Приштинского корпуса 3-й армии Владимир Лазаревич лично возглавил выходящую из Косова колонну армейской техники. Югославские подразделения покидали край по двум специально выделенным «коридорам». Вывод частей осложнялся серией нападений со стороны АОК, в результате которых армия Югославии понесла потери. Последней 18 июня в Сербию вышла 211-я бронетанковая бригада.
Бомбежки мирных югославских городов закончились, но напряжение сохранялось. В одном эпизоде приняла участие российская армия. Уже после старта процесса по выводу югославских силовиков из Косово базировавшийся в Боснии миротворческий батальон совершил неожиданный для НАТО рейд на Приштину, где в ночь на 12 июня захватил под контроль аэропорт «Слатина».
Узнав о случившемся, командующий войсками НАТО в Европе американский генерал Уэсли Кларк приказал британскому генералу Майклу Джексону «выбить русских с аэродрома». Однако тот ослушался вышестоящего начальника, отказавшись, по его собственной формулировке, «начинать Третью мировую войну».
За 78 дней непрерывных бомбардировок НАТО погибли около 2 тыс. мирных жителей. От авиаударов и в столкновениях с террористами в Косово погибли порядка 1 тыс. силовиков.
Были уничтожены около 90 памятников истории и архитектуры, более 300 зданий школ, вузов, библиотек, более 20 больниц, 200 промышленных предприятий, нефтехранилищ, энергетических сооружений, объекты инфраструктуры, в том числе 82 железнодорожных и автомобильных моста. Разрушению подверглись примерно 40 тыс. жилых домов. Авиация НАТО нанесла серьезный ущерб экологии страны в результате применения боеприпасов с обедненным ураном и массированных ударов по нефтехимическим предприятиям.