До того, как возглавить Театр имени Станиславского и Немировича-Данченко, Евгений Колобов успел поработать в ведущих театрах СССР. В середине 70-х он, будучи главным дирижером Екатеринбургского академического театра оперы и балета имени А. В. Луначарского, впервые поставил на языке оригинала оперу Верди «Сила судьбы». В 1981 году Колобов вернулся в родной Петербург и по приглашению Юрия Темирканова перешел в Театр оперы и балета имени С.М. Кирова (ныне Мариинский). Именно ему главный дирижер хотел оставить свое место перед уходом, но Колобов отказался — в 1987 году ему предложили возглавить Театр имени Станиславского и Немировича-Данченко.
Приход Колобова на место худрука и главного дирижера дал надежду на возрождение музыкального театра. Впервые в Союзе были поставлены «Пират» Беллини и «Борис Годунов» в авторской редакции Мусоргского. В этих спектаклях уже проявилось новаторское видение Колобова — его тяга к поэтическому театру и симфонической эстраде, носителями которой в свое время были Шаляпин, Рахманинов и Горовиц.
Взаимоотношения Колобова с коллективом поначалу были хорошие: возглавив театр, дирижер не стал никого увольнять. В премьерных спектаклях «Пирата и «Бориса Годунова» были задействованы «ветераны» театра. Следом дирижер задумал поставить «Евгения Онегина» только с молодыми актерами. Начался конфликт: пожилые артисты требовали вернуть тексты, которые они привыкли петь десятилетиями.
«Когда его [Колобова] спросили, как он относится к солистам, он сказал, что ко всем одинаково, у него нет в театре любимчиков. На самом деле — и любимчики, и группа солистов, которых он просто ненавидит. Это выражается в том, что он снимает этих людей с партий, даже не объясняя причины», — рассказывал в интервью «Аргументам и фактам» народный артист СССР Леонид Болдин.
Другая звезда театра Виталий Таращенко сетовал, что с приходом Колобова его репертуар сократился до одного спектакля в два месяца.
Сторонники Колобова, в том числе Татьяна Кузнецова и Василий Кирнос, утверждали, что их коллеги просто не привыкли к такому требовательному худруку и разучились работать.
К 1990 году конфликт достиг предела: недовольные артисты устроили однодневную голодовку. Колобов подал в отставку, отказавшись от присвоенного ему ранее звания «Заслуженного деятеля искусств». В заявлении в Президиум Верховного Совета дирижер объяснил свое решение тем, что человек, посвятивший свою жизнь искусству, хотя бы в глубине души, считающий себя серьезным художником, в первую очередь должен обладать честным именем и талантом.
«Это был маленький такой змеюшник, — рассказывал Колобов в интервью «Российской газете». — На «Онегина» назначаю молодых певцов — тут же приходит ветеран качать права. Я напоминаю: сколько вам лет? 59! Мы что, в доме престарелых оперу ставим? И в 60 лет будем вспоминать: как было хорошо, Танюха! И пошел слух, что Колобов — монстр. А я просто хочу искусством заниматься».
В период перестройки раскол также пережили Театр на Таганке и МХАТ. Причиной стали кадровые перестановки, а также личная неприязнь между худруком и актерами. В 1985 году из-за прихода Анатолия Эфроса на пост Юрия Любимова Театр на Таганке покинули Вениамин Смехов, Леонид Филатов и другие. Наиболее громким событием стало разделение МХАТ на два театра — МХТ имени Чехова во главе с Олегом Ефремовым и МХАТ имени Горького, который возглавила Татьяна Доронина. Ефремов, как и Колобов, пытался всячески реформировать театр, из-за чего многие актеры остались без ролей.
В результате конфликта внутри Театра имени Станиславского и Немировича-Данченко за Колобовым фактически в никуда ушли более 200 сотрудников. В 1991 году он вместе со своей женой Натальей Попович основал собственный театр «Новая Опера». Шесть с половиной лет театр существовал без дома, скитаясь по арендованным залам, дружественным театрам, фестивалям и репетируя в бывшем кинотеатре «Зенит» в районе Таганки.
Тем временем специально для «Новой Оперы» на месте «Зеркального театра», построенного в 1910 году в саду «Эрмитаж», фактически с нуля возводили новый театр. 27 декабря 1997 года состоялось долгожданное открытие сцены. Иронично, что первой на ней показали ту самую оперу «Евгений Онегин», которая в том же году получила «Золотую маску» как лучший музыкальный спектакль сезона.
Колобов же продолжил работать на стыке оперы и драматического театра. Дирижер рассаживал свой оркестр прямо на сцене или даже в партере, а не в оркестровой яме, как положено. А музыканты не только играли, но и перемещались по сцене, вставляя свои реплики.
Евгений Колобов скончался на 58-м году жизни 15 июня 2003 года от сердечного приступа. Сейчас «Новой оперой» руководят народный артист Молдавии Александр Самуилэ и режиссер-постановщик Алексей Вэйро.