Предварительное расследование по новому делу было завершено в феврале 2007 года. Незадолго до этого оба предпринимателя были этапированы из колоний, где они отбывали восьмилетние сроки заключения, в читинский СИЗО, где и находились до того, как 19 февраля 2009 года Хамовнический суд вынес постановление об их этапировании в Москву для участия в слушаниях по их новому делу. В читинском СИЗО Ходорковскому (признан в РФ иностранным агентом и внесен в список террористов и экстремистов) и Лебедеву были предъявлены новые обвинения, и здесь они знакомились с материалами дела.
Согласно утвержденному Генпрокуратурой обвинительному заключению, предприниматели обвиняются в совершении в 1998–2003 годах в составе организованной группы хищения путем присвоения крупных объемов нефти дочерних нефтедобывающих акционерных обществ ОАО НК ЮКОС — ОАО «Самаранефтегаз», ОАО «Юганскнефтегаз» и ОАО «Томскнефть-ВНК» на сумму более 892 млрд рублей, а также в легализации в крупном размере денежных средств, полученных от реализации похищенной в указанный период нефти на общую сумму, превышающую 487 млрд рублей и $7,5 млрд. Эта сумма равна стоимости всей нефти, которую качал и продавал ЮКОС за свою историю. Обвиняемые, которым, по подсчетам адвокатов, грозит до 22 лет тюрьмы, ни по одному из пунктов себя виновными не признают, называя обвинения «абсурдными».
